imagesディレクトリに配置したテクスチャをAtlas化してみます。

Project Explorer のimagesを右クリック→Show in Explorer でエクスプローラを開きます。

Atlasに含めたい画像を配置します。 ここでは、公式のサンプル素材を使用します。Download asset package
サンプル素材を解凍し、level-imagesディレクトリのground01.pngとground02.pngをimagesディレクトリにコピーします。

Defold Editorに戻ってProject Explorer のAtlasを作成したいディレクトリを右クリック→New→Atlas Fileを選択して新規Atlasの作成します。