※バージョン5.3.0f4で確認。

Unityにおけるシェーダの割り当て方法は以下の通りです。

1. 対象のオブジェクトを用意する。
   1. GameObject → 3D Object → Sphere を選択して球を追加する。
2. ProjectのAssetsフォルダからCreate → Material でマテリアルを追加する。
   1. 名前はMyMaterialとする。
3. HierarchyからSphereを選択した状態にしておき、先ほどのMyMaterialをInspectorにドラッグ＆ドロップしてSphereに割り当てる。
4. ProjectのAssetsフォルダからCreate → Shader → Standard Surface Shader を選択してシェーダファイルを追加する。
   1. 名前はMyShaderとする。
5. MyMaterialを選択するとInspectorにプロパティ一覧が表示されるので、Shader → Custom → MyShaderを選択する。
   1. これでシェーダを書いて反映される状態になりました。
6. この状態でMyShaderをダブルクリックで選択すると、シェーダ内容をカスタマイズできる状態になります。