まずはProject Explorer のmain/main.collection を開きます。 OutLineにgo(GameObject)がひとつ配置されています。 これがDefoldでのシーンやレベルといったものになります。
新しくスプライトを追加する前に、すでに配置されているスプライトをDeleteキーで削除してしまいます。 その後、新しいGameObjectを右クリックから追加するか、iキーで追加します。 さらに、iキーを入力するか右クリックからAddComponentでSpriteコンポーネントを追加します。