※バージョン5.3.0f4で確認。

Unityにおけるシェーダの割り当て方、またその反映手順は以下の通りです。

対象のオブジェクトを用意する。 GameObject → 3D Object → Sphere を選択して球を追加する。

ProjectのAssetsフォルダからCreate → Material でマテリアルを追加する。 名前はMyMaterialとする。

HierarchyからSphereを選択した状態にしておき、先ほどのMyMaterialをInspectorにドラッグ＆ドロップしてSphereに割り当てる。

ProjectのAssetsフォルダからCreate → Shader → Standard Surface Shader を選択してシェーダファイルを追加する。 名前はMyShaderとする。

MyMaterialを選択するとInspectorにプロパティ一覧が表示されるので、Shader → Custom → MyShaderを選択する。 これでシェーダを書いて反映される状態になりました。

この状態でMyShaderをダブルクリックすると、シェーダプログラムを編集することが出来ます。

これを変更することで独自のシェーダを作成することができます。