クリックした個所にレイを飛ばして最初に見つかったGameObjectか確認する。 確認するGameObjectには必ずコライダーを付けること。

bool IsFirstObject( string _findTagName, Vector3 _check )
{
	Ray ray = m_mapCamera.camera.ScreenPointToRay( _check );
    RaycastHit hit = new RaycastHit();
 
    if (Physics.Raycast(ray, out hit))
    {
        GameObject go = hit.collider.gameObject;
        if (go.tag == _findTagName)
        {
        	return true;
        }
    }
	return false;
}

void Update()
{
	if( Input.GetMouseButtonDown(0) )
	{
		if (IsFirstObject("Player", Input.mousePosition ))
		{
			// 見つかった時の処理.
		}
	}
}