背景色の変更はカメラから行う。

メインカメラを選択した状態で、InspectorのBackground から変更できます。

camera.backgroundColor プロパティを操作します。

void Start ()
{
	camera.backgroundColor = Color.blue;
}

public Color color1 = Color.red;
public Color color2 = Color.blue;
public float duration = 3.0f;
 
void Update ()
{
	float t = Mathf.PingPong( Time.time, duration ) / duration;
	camera.backgroundColor = Color.Lerp( color1, color2, t );
}