ブレークポイントを付けてデバッグする手順です。

• MonoDevelop のAttach to Process を選択

• ダイアログが出るのでデバッグするプロセスを選択してOK.

• Unity の再生ボタンを選択するとブレークポイントも付けられるデバッグが開始されます。

Unity4.3以降からMonoDevelopのUIが変わりました。

MonoDevelop のAttach to Process は左上の三角アイコンを選択すると出てきます。