Application.LoadLevelを使えば別のシーンに切り替えることが出来ます。

File → New Scene を選択します。

Assetsにシーンが追加されます。

File → Build Settings 画面を開き、Scenes In Buildに使うシーンをドラッグ&ドロップします。

シーン0番がアプリ起動時に使用されるシーンです。

Application.LoadLevel( "second" );
// Application.LoadLevel( 1 );

シーンの名前を指定します。シーン番号で切り替えることもできます。

Application.LoadLevelAdditive( "second" );

LoadLevelAdditiveを使えば現在のシーンに新しいシーンを上書き出来ます。 同じシーンを作業分担する時に使えます。