CameraのcullingMaskにレイヤーを設定すると、設定したレイヤーのGameObjectみを描画対象とすることが出来ます。

gameObject.camera.cullingMask = (1 << LayerMask.NameToLayer("Map"));

gameObject.camera.cullingMask |= (1 << LayerMask.NameToLayer("BG"));

gameObject.camera.cullingMask &= ~(1 << LayerMask.NameToLayer("BG"));