FPSを変更するにはApplication.targetFrameRateの値を調整します。

function Awake ()
{
	Application.targetFrameRate = 30;
}

[Edit > Project Settings > QualitySetting]の VSync Count を[ Every Second VBlank ]に変更します。

Unityから出力されるソースコード AppController.mm を修正する必要があります。

#define kFPS 30

参考：FPSの値を変更する方法 - 強火で進め